Читати зліва направо
Дія відбувається у "футуристичній, але феодальній Японії", а в головній ролі - самурай на ім'я Афро через своє волосся. Історія розповідає про те, як Афро намагається помститися за вбивство свого батька. У світі самураїв Афро вважається, що той, хто стане "Номер Один", правитиме світом, володіючи силою, подібною до божественної.
Хтось стає Першим, вбиваючи попереднього Першого і забираючи його церемоніальну пов'язку на голові. Однак єдине правило в цьому світі полягає в тому, що тільки "Номер Два" (також позначений священною пов'язкою на голові) може битися з "Номер Один". Зворотний бік цього правила полягає в тому, що будь-хто (і, як правило, кожен) може кинути виклик і спробувати вбити "Номер Два", щоб отримати право рухатися далі і кинути виклик "Номеру Один". Батько афро-самурая був старим Номером Один, поки йому не кинув виклик бойовик "Справедливість" (який тоді був Номером Два), який бився з ним на дуелі, щоб стати новим Номером Один. Коли бандит кинув виклик його батькові, Афро був ще дитиною. Нападник відтяв батькові голову прямо на очах у юного Афро.
Тепер дорослий, Афро Самурай - нинішній Номер Два і майстерний фехтувальник; він мандрує дорогою, прагнучи помститися Справедливості, нинішньому Номеру Один. Тривалі флешбеки, що перемежовуються в сюжеті, детально розповідають про те, як Афро перетворився з переляканого хлопчика, що тікав від смерті батька, на майстра фехтування і врешті-решт став нинішнім "Номером Два", тоді як історія в теперішньому часі розповідає про те, як дорослий Афро прямує до гірської фортеці "Номера Один", щоб викликати на поєдинок Справедливість, в той час як таємничий культ, відомий як "Клан Порожніх Сімох", посилає різних агентів, щоб вбити Афро та відібрати у нього пов'язку з його головою "Номера Два".
